De Stichting Nedersaksenlijn is een stichting onder leiding van een directie met daarboven een Raad van Toezicht. Sinds 19 december 2022 hanteert het bestuur van de stichting het Raad van Toezicht model. Bij dit model laat de Raad van Toezicht de gehele beleidsvorming over aan de directie.

De Raad van Toezicht van de stichting Nedersaksenlijn bestaat uit 1 voorzitter en maximaal 4 andere leden. De directie is binnen de stichting Nedersaksenlijn verantwoordelijk voor de beleidsuitvoering, de Raad van Toezicht vervult primair een toezichthoudende en adviserende functie.